Совсем недавно github ввел новую двухфакторную аутентификацию. Теперь нет возможно как раньше клонировать репозиторий вводя логин и пароль в консоли.
Альтернативой является клонирование через SSH или через Token — аунтентификацию. Сегодня мы рассмотрим второй вариант.
Итак для начала нужно сгенерировать Token, находится он по адрессу Settings -> Developer settings -> Personal access tokens -> Generate new token

Теперь когда мы имеем токен мы можем спокойно с клонировать репозиторий, введя в консоль:

https://<PERSONAL-ACCESS-TOKEN>@github.com/<user_name>/<repo_name>.git

Где <PERSONAL-ACCESS-TOKEN> — ваш токен, <user_name> — ваг username на github, <repo_name> — имя репозитория.